Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Base de datos de expresión de proteoma de adenocarcinoma de pulmón: un segmento de la base de datos de medicina del genoma de Japan Proteomics

Seiji Kosaihira, Yukako Tsunehiro, Koji Tsuta, Naobumi Tochigi, Akihiko Gemma, Setsuo Hirohahsi y Tadashi Kondo

El cáncer de pulmón es una de las principales causas de muerte por cáncer en todo el mundo, y se han llevado a cabo estudios de proteómica del cáncer de pulmón revelar los antecedentes moleculares de los fenotipos de cáncer y desarrollar aplicaciones clínicamente relevantes. Aquí, informamos una base de datos de expresión de proteoma de acceso abierto derivada del estudio de 262 casos de cáncer de pulmón utilizando datos extraídos por electroforesis en gel de diferencia bidimensional (2D-DIGE) y espectrometría de masas. Las proteínas extraídas de los tejidos del tumor primario se marcaron con colorante de saturación CyDye DIGE Fluor y se separaron mediante un dispositivo de electroforesis de gran formato, generando 3179 puntos de proteína. La espectrometría de masas después de la digestión en gel identificó 487 proteínas correspondientes a 721 puntos de proteína. Se observaron múltiples proteínas a partir de manchas de proteínas individuales, y las proteínas individuales generaron múltiples manchas de proteínas, lo que sugiere diversidad del proteoma. Los resultados de 2D-DIGE y la identificación de proteínas, y parte de los datos clínico-patológicos correspondientes, son de libre acceso en la base de datos pública de proteomas Genome Medicine Database of Japan Proteomics (GeMDBJ Proteomics, http://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb /DigeTop.do).