Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Base de datos de expresión del proteoma del sarcoma de Ewing: un segmento de la base de datos de medicina del genoma de Japan Proteomics

Kazutaka Kikuta, Yukako Tsunehiro, Akihiko Yoshida, Naobumi Tochigi, Setsuo Hirohahsi, Akira Kawai y Tadashi Kondo

El sarcoma de Ewing es el segundo tumor óseo maligno primario más frecuente en niños y adolescentes de todo el mundo. Aquí, informamos una base de datos de expresión de proteoma de acceso abierto de ocho casos de sarcoma de Ewing utilizando datos de proteoma obtenidos por electroforesis en gel de diferencia bidimensional (2D-DIGE) y espectrometría de masas. Las proteínas extraídas de los tejidos del tumor primario se marcaron con colorante de saturación CyDye DIGE Fluor y se separaron mediante un dispositivo de electroforesis de gran formato, generando 2431 puntos de proteína. La espectrometría de masas después de la digestión en gel identificó 330 puntos de proteínas correspondientes a 220 proteínas. Se observaron múltiples proteínas a partir de puntos de una sola proteína, y proteínas individuales generaron múltiples puntos de proteína, lo que sugiere diversidad del proteoma observado por 2D-DIGE. Los resultados de 2D-DIGE y la identificación de proteínas por espectrometría de masas, y parte de los datos clínico-patológicos correspondientes, como el pronóstico después de los tratamientos, son de libre acceso en la base de datos pública de proteomas Genome Medicine Database of Japan Proteomics (GeMDBJ Proteómica, https://gemdbj.nibio.go.jp/dgdb/DigeTop.do).