Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Dinámica del proteoma del degradador de oxalato especializado Oxalobacter formigenes

Melissa L Ellis, James A Mobley, Ross P Holmes y John Knight

Oxalobacter formigenes es un organismo intestinal único que depende de la degradación del oxalato para satisfacer la mayoría de sus necesidades de energía y carbono. La falta de colonización es un factor de riesgo para la enfermedad de cálculos renales de oxalato de calcio. La publicación de la secuencia del genoma de O. formigenes ha brindado la oportunidad de aumentar nuestra comprensión de la biología de O. formigenes. Este estudio utilizó proteómica de escopeta basada en espectrometría de masas para examinar los cambios en los niveles de proteína asociados con la transición del crecimiento de la fase logarítmica a la estacionaria. De los 1867 genes únicos que codifican proteínas en el genoma de la cepa OxCC13 de O. formigenes, se detectaron 1822 proteínas, que se encuentra en el extremo inferior del rango de 1500-7500 proteínas encontradas en bacterias de vida libre. De los conjuntos de datos de proteínas presentados aquí, está claro que O. formigenes contiene un repertorio de vías metabólicas esperadas de un microbio intestinal que le permiten sobrevivir y adaptarse a nuevos entornos. Aunque se necesitan más pruebas experimentales para confirmar los procesos fisiológicos y reguladores que median la adaptación con cambios de nutrientes, los conjuntos de datos de proteínas de O. formigenes presentados aquí se pueden usar como referencia para estudiar la dinámica del proteoma en diferentes condiciones y tienen potencial significativo para el desarrollo de hipótesis.