Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Base de données de sécurité des protéines pour les pathogènes de l'arénavirus

Huynh-Hoa Bui, Jason Botten, Nicolas Fusseder, Valérie Pasquetto, Bianca Mothe, Michael J Buchmeier et Alessandro Sette

Antécédents : Le virus de l'arène est une famille de virus transmis par des rongeurs qui provoquent des variations de fibres hémorragiques. Ces enfermedades peuvent être dévastatrices et, à tout le moins, mortelles. Ici, pour aider à la conception et au développement de diagnostics, de traitements et de vaccins pour les infections à arénavirus, nous avons développé une base de données contenant des données protéiques de nos sites pathogènes à arénavirus (Junín, Guanarito, Sabia, Machupo, Whitewater Arroyo, Lassa et LCMV). Résultats : la base de données contient actuellement un ensemble non redondant de 333 séquences de protéines qui sont annotées manuellement. Toutes les entrées sont reconnues comme références NCBI et citées par PubMed. La base de données a une interface de consultation pratique qui inclut la recherche BLAST. L'analyse de la variabilité de la sécurité est également réalisée et les résultats sont ajoutés à la base de données. Conclusion : la base de données est disponible sur http://epitope.liai.org:8080/projects/arena et peut être utilisée pour aider les studios qui ont besoin d'informations protéiques sur les virus pathogènes de l'aréna.