Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Base de datos de secuencias de proteínas para arenavirus patógenos

Huynh-Hoa Bui, Jason Botten, Nicolas Fusseder, Valerie Pasquetto, Bianca Mothe, Michael J Buchmeier y Alessandro Sette

Antecedentes: Los arenavirus son una familia de virus transmitidos por roedores que causan varias fiebres hemorrágicas. Estas enfermedades pueden ser devastadoras y, a menudo, letales. Aquí, para ayudar en el diseño y desarrollo de diagnósticos, tratamientos y vacunas para las infecciones por arenavirus, hemos desarrollado una base de datos que contiene secuencias de proteínas de los siete arenavirus patógenos (Junín, Guanarito, Sabia, Machupo, Whitewater Arroyo, Lassa y LCMV). Resultados: la base de datos actualmente contiene un conjunto no redundante de 333 secuencias de proteínas que se anotaron manualmente. Todas las entradas estaban vinculadas a NCBI y citaban referencias de PubMed. La base de datos tiene una interfaz de consulta conveniente que incluye búsqueda BLAST. También se realizaron análisis de variabilidad de secuencia y los resultados se alojan en la base de datos. Conclusión: la base de datos está disponible en http://epitope.liai.org:8080/projects/arena y se puede utilizar para ayudar en estudios que requieren información proteómica de arenavirus patogénicos.