Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Tratamiento de muestras de proteínas con biblioteca de ligandos peptídicos: cobertura y consistencia

Lei Li, ChengJun Sun, Steve Freeby, Dennis Yee, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Luc Guerrier, Egisto Boschetti y Lee Lomas

La detección de proteínas de baja abundancia en muestras biológicas es uno de los principales desafíos en las investigaciones de proteómica. Un enfoque que hace posible la detección de especies raras es el tratamiento de muestras biológicas con bibliotecas de ligandos peptídicos combinatorios en fase sólida. Sin embargo, el uso de combinaciones de ligandos abre una incertidumbre en el sentido de que, dado que la diversidad de la biblioteca es muy grande, es posible que las alícuotas de perlas muestreadas de la biblioteca no tengan especies de perlas completamente comparables cada vez. La reproducibilidad de los datos experimentales con bibliotecas muy diversas es, por lo tanto, una de las principales preocupaciones a abordar. Este documento informa datos de reproducibilidad cuando se utilizan alícuotas de volúmenes similares y diferentes de bibliotecas en una determinada proporción de muestra a biblioteca. Los eluatos de las bibliotecas de ligandos y otras fracciones se analizan mediante varios métodos complementarios, como electroforesis en gel bidimensional, inmunoensayo y espectrometría de masas. Los datos recopilados muestran un alto nivel de consistencia de una muestra a otra cuando se procesan con volúmenes de perlas similares y variables. Las determinaciones analíticas son todas convergentes entre sí al considerar la similitud de los resultados. Se prevé que esta demostración refuerce la posibilidad de que los estudios de proteómica diferencial, en particular para el descubrimiento de dianas proteicas de interés, puedan lograrse eficazmente con bibliotecas de péptidos combinatorios.