Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Fraccionamiento de proteínas para proteómica plasmática cuantitativa por semiselectivo Precipitación

Ekaterina Mostovenko, Hannah C. Scott, Oleg Klychnikov, Hans Dalebout, André M. Deelder y Magnus Palmblad

El plasma sanguíneo es una mezcla altamente compleja de proteínas, metabolitos y lípidos, y una rica fuente de biomarcadores potenciales para una variedad de enfermedades y afecciones. El amplio rango en la abundancia de proteínas plantea un tremendo desafío para la proteómica del plasma. Sin embargo, dado que un número relativamente pequeño de proteínas constituye la mayor parte del conjunto total de proteínas, el rango de concentración puede reducirse por el agotamiento de las proteínas abundantes, como la albúmina. Para reducir la complejidad de la muestra y aumentar la cobertura de proteínas, desarrollamos un método de preparación de muestras basado en la precipitación semiselectiva con acetonitrilo a diferentes pH y construimos una tubería de análisis de datos, combinando diferentes estrategias de búsqueda. El método que proponemos es reproducible y fácil de paralelizar (alto rendimiento), y puede ser muy adecuado para fraccionar plasma para proteómica cuantitativa sin etiquetas en estudios clínicos grandes. Se eliminó hasta el 90% de la albúmina y otras proteínas abundantes agregando un volumen igual de acetonitrilo a las muestras ajustadas a pH 5.