Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Diseño de cebadores para Dreb1A, un gen inducido por frío

Neha Garg, Sachin Pundhir, Anil Prakash y Anil Kumar

El diseño de cebadores para el gen inducido por frío, DREB1A, se realiza con el software Primer3. Diecisiete secuencias relacionadas con el gen DREB1A se recuperaron de las bases de datos UniGene, GenBank y RefSeq usando Entrez. En el alineamiento de secuencias múltiples, se identificó una región conservada de 286 pb. Los cebadores potenciales para la región conservada y para diecisiete secuencias de nucleótidos se determinaron utilizando Primer3. Las propiedades de estos cebadores potenciales se analizaron utilizando la herramienta NetPrimer de Premier Biosoft. Se finalizaron un cebador directo (extremo 5') y uno inverso (extremo 3') que tenían un contenido de GC del 50 al 60%, Tm de 52 a 58 oC y ausencia de estructuras secundarias. La especificidad de los cebadores se validó realizando un alineamiento local con la base de datos nr del NCBI a través de BLAST. Todos los alineamientos mostraron un alineamiento significativo con el gen DREB1A validando la especificidad de los cebadores.