Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

PREDTAP: un sistema para la predicción de la unión de péptidos al transportador humano asociado con el procesamiento de antígenos

Guang Lan Zhang, Nikolai Petrovsky, Chee Keong Kwoh, J Thomas August y Vladimir Brusic

Antecedentes: el transportador asociado con el procesamiento de antígenos (TAP) es un componente fundamental de la vía de presentación y procesamiento de antígenos de clase I del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) . TAP transporta péptidos antigénicos al retículo endoplásmico donde los carga en el surco de unión de las moléculas MHC de clase I. Debido a que los péptidos primero deben ser transportados por TAP para que se presenten en el MHC de clase I, las preferencias de unión de TAP deberían tener un impacto significativo en la selección de epítopos de células T. Descripción: PREDTAP es un sistema computacional que predice la unión de péptidos a TAP humana. Utiliza redes neuronales artificiales y modelos ocultos de Markov como motores predictivos. Se realizaron pruebas exhaustivas para validar los modelos de predicción. Los resultados mostraron que PREDTAP era tanto sensible como específico y tenía una buena capacidad predictiva (área bajo la curva característica operativa del receptor Aroc>0.85). Conclusión: PREDTAP se puede integrar con sistemas de predicción para péptidos de unión de MHC de clase I para mejorar el rendimiento de la predicción in silico de epítopos de células T. PREDTAP está disponible para uso público en [1].