Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Predicción de sitios de unión proteína-ligando para cisplatino y transplatino basado en Puentes de Hidrógeno

Flavio Almeida Curvelo dos Anjos y Manoel Víctor Frutuoso Barrionuevo

Los compuestos de platino son muy importantes para el tratamiento de varios tumores malignos. Sin embargo, la predicción de los sitios de unión al platino es muy difícil de realizar. No obstante, la hidrólisis de los grupos salientes unidos a compuestos de platino juega un papel importante en la entrega de platino a una molécula diana. En este documento, un estudio in silico proporciona una comprensión de la superficie molecular a nivel atómico de la estructura tridimensional del cisplatino y el transplatino y sus sitios de unión para ofrecer algunas ideas sobre el diseño de fármacos. El objetivo de este trabajo fue implementar un nuevo enfoque basado en parámetros geométricos y fisicoquímicos para encontrar sitios de unión de platino utilizando algoritmos de computación paralela para unidades de procesamiento de gráficos (GPU). Estos algoritmos se probaron y validaron analizando los sitios de unión al platino en cinco proteínas conocidas. Los resultados indicaron que estos sitios de unión se predijeron con un éxito significativo. En nuestro análisis, HexServer y el servidor PatchDock no encontraron sitios de unión putativos para cisplatino y transplatino como encontramos para las cinco proteínas elegidas. En este documento, hemos demostrado que el presente método ha tenido una mejor predicción del sitio de unión de platino que los métodos HexServer y PatchDock.