Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Predicción de péptidos y epítopos de unión al MHC del virus de la necrosis de la yema del cacahuete (GBNV)

Gomase V.S, Kale K.V y Shyamkumar K

Una enfermedad vírica causada por pérdidas de cosechas de maní en Andhra Pradesh durante el kharif en el año 2000. Se supuso ser causado por el virus de la necrosis del brote del cacahuete (GBNV), un virus que se sabe que está ampliamente distribuido en la India. Es una de las infestaciones importantes que afectan al cultivo del maní, especialmente durante el verano. Los péptidos de nucleocápside del virus de la necrosis de las yemas del cacahuete son los más adecuados para el desarrollo de vacunas de subunidades porque con un único epítopo, la respuesta inmunitaria se puede generar en una gran población. El análisis muestra que los péptidos de unión a MHC de clase II de la proteína de la cubierta del SMV son un factor determinante importante para la protección de muchas plantas contra la infección viral. En este ensayo, predijimos la afinidad de unión de la poliproteína del genoma SMV que tiene 276 aminoácidos, lo que muestra 268 noámeros. En este análisis, encontramos las regiones peptídicas MHCII-IAb basadas en SVM, 171- PLAYYQNVK, 95- RTEAFIRTK, 90- DWTFKRTEA, 37- KAFYDANKT, (la puntuación óptima es 1,059); regiones peptídicas MHCII-IAd, 159- LSSMTGLAP, 68- KSGKYVFCG, 11- KIKELLAGG, 49- TFTNCLNIL, (la puntuación óptima es 0,702); regiones peptídicas MHCIIIAg7, 128- PLVAAYGLN, 127- LPLVAAYGL, 18- GGSADVEIE, 39- FYDANKTLE, (la puntuación óptima es 1,551); y regiones peptídicas MHCII- RT1.B, 49- TFTNCLNIL, 247- DKAFSASLS, 110- KSKNDAAKQ, 92- TFKRTEAFI (la puntuación óptima es 1,092) que representaban los aglutinantes previstos de la proteína de la nucleocápside. El método integra la predicción de la unión del péptido MHC de clase I; Escisión proteasomal C terminal y eficiencia de transporte TAP de la proteína nucleocápside de GBNV. Así, un pequeño fragmento de antígeno puede inducir una respuesta inmunitaria contra el antígeno completo. Este tema se implementa en el diseño de vacunas de subunidades y péptidos sintéticos.