Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Predicción de péptidos y epítopos de unión al MHC a partir de la proteína de la cubierta del virus del mosaico amarillo de la India del frijol mungb-Ub05

Sarika, Mohd. Akram, M. A. Iquebal y Naimuddin K.

El virus del mosaico amarillo de la India del frijol mungb (MYMIV) es reconocido como uno de los virus económicamente más importantes que afecta a varios cultivos de leguminosas como el frijol mungo, urdbean, caupí, guandú, etc. y ocurre en el subcontinente indio. En el presente estudio, la proteína de cubierta de MYMIV se utiliza para encontrar péptidos y epítopos de unión a MHC altamente adecuados. Se encontró que treinta y nueve regiones peptídicas tenían alta afinidad por los péptidos de unión a TAP usando una máquina de vectores de soporte en cascada (SVM). Algunos de estos transportadores TAP de proteína de cubierta son 201- NRFFKVNNY con una puntuación de 9,208, 108- KRFCIKSVY con una puntuación de 8,817, 44-RWTNRPMWR con una puntuación de 8,790, 134- NTVMFKLCR con una puntuación de 8,672 y 41- KRRRWTNRP con una puntuación de 8,498, donde las puntuaciones se basan en el promedio afi nidad de un aminoácido en una posición particular. El método basado en SVM para la predicción de ligantes promiscuos de MHC Clase II informó regiones peptídicas MHCII-IAb, 30-PASAGGVPT, 127-IKSKNHTNT, 44-RWTNRPMWR, 6-YDTAFSTPI, (puntuación óptima 1,220); regiones peptídicas MHCII-IAd, 226-NALLLYMAC, 30-PASAGGVPT, 32-SAGGVPTNM, 236-HASNPVYAT, (puntuación óptima 0,620); Regiones peptídicas MHCII-IAg7, 13-PISNARRRL, 212- YNHQEAAKY, 221-ENHTENALL, 209-YVVYNHQEA, (puntuación óptima 1,569) y regiones peptídicas MHCII- RT1.B, 223- HTENALLLY, 188- TGGQYACKE, 168- TVKNDLRDR, 4- RTYDTAFST, (puntuación óptima 0,932) como posibles aglutinantes previstos de la proteína de la cubierta. Los segmentos predichos más adecuados en la proteína de cubierta del virus MYMI para desarrollar anticuerpos específi cos encontrados en este estudio son 56-FYRLYRSPDVPRGCEGPCKVQSF–78, 206-VNNYVVYNHQ-215 y 108-KRFCIKSVYITG-119. Los fragmentos identificados a través de este enfoque tienden a ser aglutinantes de alta eficiencia, en los que un mayor porcentaje de sus átomos están directamente involucrados en la unión en comparación con moléculas más grandes. Estos fragmentos pueden, por lo tanto, usarse en protección cruzada y desarrollar anticuerpos específi cos contra begomovirus que pueden explotarse en serodiagnósticos.