Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Predicción de epítopos de células B discontinuos mediante regresión logística e información estructural

Rong Liu y Jianjun Hu

La predicción computacional de epítopos de células B discontinuos sigue siendo un desafío, pero es una tarea importante en el diseño de vacunas. En este estudio, desarrollamos un método computacional novedoso para predecir residuos de epítopos discontinuos mediante la combinación del modelo de regresión logística con dos características estructurales importantes, el factor B y el área de superficie accesible relativa (RASA). Realizamos una validación cruzada de cinco veces en un conjunto de datos representativo compuesto por estructuras de antígeno unidas con anticuerpos y pruebas independientes en la base de datos Epitome, respectivamente. Los resultados experimentales indican que, además de la conocida característica RASA, el factor B también se puede utilizar para identificar epítopos discontinuos. Además, estas dos características son complementarias y su combinación puede mejorar notablemente el rendimiento de la predicción. La comparación con los enfoques existentes muestra que nuestro método puede lograr un mejor rendimiento en términos de valor promedio de AUC y sensibilidad para predecir epítopos discontinuos de células B.