Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Predicción de la estructura secundaria de 3 estados de la proteína bacteriana (represor de control de detección de quórum-Pseudomonas aeruginosa) utilizando una topología optimizada

Sangeetha Balashanmugam1*, Saravanan K2, Guru Prasad L3, Sivakumar S4

La regulación de la expresión génica en respuesta a los cambios en la densidad de población celular se conoce como detección de quórum (QS) . La bacteria llamada Pseudomonas aeruginosa utiliza QS para controlar la transcripción de genes en humanos. Por lo que es fundamental analizar las características estructurales de Pseudomonas aeruginosa. Las estructuras secundarias de las proteínas se han identificado como procesos físicos de secuencias primarias, que se pliegan en estructuras terciarias funcionales que permiten que las proteínas participen en eventos biológicos de las ciencias de la vida. La predicción de la estructura secundaria de la proteína a partir de la secuencia de aminoácidos asociada es importante en la bioinformática y es una tarea desafiante para los algoritmos basados en el aprendizaje automático. Aunque la utilización de NN para predecir la estructura secundaria de la proteína es un enfoque innovador, es complejo en el momento de la formulación de la red. Para superar este problema, se puede utilizar un algoritmo de aprendizaje para entrenar los pesos sinápticos. Por lo tanto, en este trabajo, el análisis de la estructura secundaria de la proteína QscR (Pseudomonas aeruginosa (PDB ID: 3 szT) se obtiene mediante la adopción de una red neuronal sintonizada con PSO. Predice la estructura secundaria de 3 estados de la proteína QscR. Este algoritmo propuesto ha resultado en la predicción de dominio de una sola proteína con mayor precisión.