Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Diseño de inhibidor basado en peptidomiméticos para la proteína de unión gp120 del VIH 1

Umashankar Vetrivel, Priya Sankar, Naveen kumar Nagarajan y Gurunathan Subramanian

Los peptidomiméticos son una nueva estrategia de diseño de fármacos en la que se diseña un inhibidor de Insilico imitando el marco de un péptido corto. Las estrategias de diseño de fármacos novedosos solo allanarán el camino para el desarrollo de fármacos anti-VIH únicos y más seguros. En el presente estudio, proponemos un inhibidor de la unión gp120 basado en peptidomiméticos. En el sistema biológico humano, el VIH-1 interactúa con el receptor CD4 del huésped a través de su glicoproteína gp1 20 de superficie, estableciendo la unión inicial. Esta interfaz de interacción proteína-proteína forma la base para derivar un inhibidor que imita el esqueleto del receptor. El inhibidor imitado derivado en este estudio se basa en las interacciones insilico de CD4 soluble (SCD4) (precursor de CD4) con gp120. Las interacciones moleculares de SCD4 con gp120 fueron identificadas por el software MEDock. Además, la interfaz de interacción se analizó manualmente en busca de topología, y la columna vertebral de la molécula del ligando se dibujó en base a ella con chemsketch. Además, el ligando esbozado se optimizó y se acopló con gp120 utilizando el laboratorio Argus. Los resultados del acoplamiento muestran la formación de seis enlaces de hidrógeno entre el ligando y la interfaz de unión de gp120. También se encontró que el ligando se ajustaba con un buen carácter farmacológico, según la regla de cinco de Lipinski. Por lo tanto, este trabajo aborda la similitud farmacológica del ligando peptidomimético propuesto.