Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Péptidos que se unen a la cocaína: una estrategia para diseñar receptores biomiméticos

Germán Pérez, Marcello Mascini, Manuel Sergi, Michele Del Carlo, Roberta Curini, Luis Alberto Montero-Cabrera y Dario Compagnone

Se propone una metodología computacional para diseñar y racionalizar la selección de pequeños péptidos como receptores biomiméticos para la cocaína. El método comenzó buscando y filtrando proteínas de rayos X y datos de RMN de complejos de receptores biológicos y cocaína. Sobre la base de diferentes zonas de cocaína, los aminoácidos involucrados en los sitios de unión biológica se seleccionaron como pivotes para diseñar una biblioteca inicial de 768 pentapéptidos. Se estudió la flexibilidad de los péptidos determinando el número mínimo de confórmeros necesarios para obtener una puntuación de unión calculada fiable. Los 25 pentapéptidos mejor clasificados se seleccionaron y utilizaron como punto de partida para generar una biblioteca de 3000 hexapéptidos mediante la inserción de cada uno de los 20 aminoácidos naturales en todas las posiciones de la secuencia. Se minimizó la energía de todas las estructuras y se realizaron recorridos de acoplamiento utilizando la herramienta FRED de OpenEye Scientific.
Las puntuaciones de unión calculadas por FRED se compararon con una prueba experimental in vivo preliminar, utilizando dos péptidos diferentes como material absorbente selectivo utilizado para la cocaína en la técnica de extracción en fase sólida (SPE) junto con la espectrometría de masas (MS). Se encontró que los datos de simulación estaban de acuerdo con los resultados experimentales de laboratorio, lo que respalda la metodología propuesta en este trabajo.