Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

La longitud del péptido influye significativamente en la afinidad in vitro por las moléculas MHC de clase II.

Cathal O'Brien, Darren R Flower

Antecedentes: las moléculas del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) de clase II tienen un surco de unión abierto que puede acomodar péptidos de diferentes longitudes. Varios estudios han demostrado que los residuos flanqueantes de péptidos (PFR) que se encuentran fuera del surco de unión central pueden influir en la unión de péptidos y el reconocimiento de células T. Mediante el uso de datos de la base de datos AntiJen, pudimos caracterizar sistemáticamente la influencia de los PFR en la afinidad peptídica por las moléculas MHC de clase II. Resultados: Al analizar 1279 eventos de elongación de péptidos que cubren 19 alelos HLA distintos, se observó que, en general, la elongación de péptidos resultó en una mayor afinidad de moléculas de MHC de clase II. También fue posible determinar una longitud de péptido óptima para la afinidad del MHC de clase II de aproximadamente 18-20 aminoácidos; el alargamiento de los péptidos más allá de esta longitud dio como resultado un efecto nulo o negativo sobre la afinidad. Conclusión: la relación observada entre la longitud del péptido y la afinidad del MHC de clase II tiene implicaciones significativas para el diseño de vacunas y el estudio de la base epitópica de la enfermedad inmunológica.