Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

paSNPg: Una tubería basada en GBS para el descubrimiento y genotipado de SNP asociados a proteínas en especies no modelo

Yong Bi Fu y Yibo Dong

El genotipado por secuenciación (GBS) se ha desarrollado recientemente como un enfoque genómico factible para explorar la variación genética en todo el genoma para análisis genómico evolutivo y poblacional de especies no modelo. Para facilitar la adquisición de datos de variación genética asociados a funciones en poblaciones naturales, presentamos una tubería basada en GBS llamada paSNPg para el descubrimiento y genotipado de SNP asociados a proteínas (paSNP) en organismos no modelo. La tubería se desarrolló a través de la expansión de la utilidad npGeno publicada para ensamblar contigs nucleares a partir de datos de secuencia de GBS sin procesar, separar contigs asociados a proteínas de todos los contigs ensamblados basados en conjuntos de datos de secuencias de PEP (o Predicciones sobre proteomas completos) publicados y llamar a paSNP a través de muestras ensayadas basadas en contigs asociados a proteínas. La prueba de la tubería con dos conjuntos de datos de secuencias de GBS, Arabidopsis thaliana y Oryza sativa, reveló su uso potencial en la exploración de la variación genética asociada a proteínas a partir de ADN genómico de especies no modelo.