Quimioterapia: Acceso Abierto
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abstracto

Análisis de todos los tipos de cáncer identifica a SEC11A como biomarcador inmunológico y pronóstico

Qingqing Wu, Chengdong Liu, Guangzhao Huang, Xinyan Lu, Xiaozhi Lv, Tingru Shao

Objetivo: La evidencia limitada sugiere un papel vital de SEC11A en la carcinogénesis. Nuestro estudio realizó un análisis integrado de las características moleculares y la relevancia clínica de SEC11A en todos los tipos de cáncer basándose en datos multiómicos.

Materiales y métodos: Se analizó la expresión de SEC11A en 33 tipos de tumores y muestras normales utilizando perfiles de transcriptoma del proyecto Atlas del Genoma del Cáncer-Expresión Genotipo-Tisular (TCGA-GTEx) y datos protróficos del proyecto Consorcio de Análisis Tumoral Proteómico Clínico (CPTAC). Se investigaron las alteraciones del número de copias y la metilación de SEC11A en todos los cánceres con cBioPortal. Se evaluaron la relevancia clínica y las implicaciones pronósticas de SEC11A en las cohortes del Atlas del Genoma del Cáncer (TCGA). Se realizó un análisis de enriquecimiento del conjunto de genes (GSEA) de SEC11A en el carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello (HNSCC) con el paquete de perfilador de grupos. La correlación de SEC11A con las infiltraciones de células inmunes se estimó con los algoritmos Estimating the Proportions of Immune and Cancer (EPIC), Tumor Immune Estimation Resource (TIMER), xCELL, Microenvironment Cell Populations-counter (MCP-counter), quanTIseq, Cell type Identification by Estimating Relative Subsets of RNA Transcripts (CIBERSORT) e Immune Cell Abundance Identifier (ImmuCellAI). Los valores de concentración inhibitoria (CI50 ₎ de los agentes anticancerígenos se obtuvieron del proyecto Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC) y se calcularon sus correlaciones con SEC11A.

Resultados: Encontramos que la expresión de SEC11A estaba regulada al alza en la mayoría de los tipos de cáncer (24/33), mientras que estaba regulada a la baja en 3 tipos de cánceres. La amplificación genética en SEC11A fue generalizada en todo el cáncer. Hubo correlaciones negativas de la expresión de ácido ribonucleico (ARN) de SEC11A con el nivel de metilación. La regulación al alza de SEC11A indicó un pronóstico desfavorable en el carcinoma adrenocortical y el HNSCC. Además, SEC11A estaba estrechamente involucrado en el ciclo celular, la regulación de TP53 y el procesamiento de antígenos. SEC11A se asoció positivamente con macrófagos y fibroblastos asociados a tumores, pero se asoció negativamente con células T CD8 ⁺ . La expresión de SEC11A se correlacionó positivamente con la resistencia a los medicamentos contra el cáncer.

Conclusión: Estos hallazgos sugirieron que SEC11A podría actuar como un biomarcador pronóstico en todos los tipos de cáncer. La regulación positiva de SEC11A se relacionó con el estado inmunosupresor del tumor. En conjunto, nuestros resultados ofrecieron un recurso valioso que podría guiar el análisis mecanístico y terapéutico de SEC11A en todos los tipos de cáncer.