Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Optimización del enfoque de corte de gel SDS-PAGE para la identificación de proteínas microsomales de hígado humano a través de espectrometría de masas MALDI-TOF

Natalia A Petushkova, Olesya V Larina, Aleksey L Chernobrovkin, Oksana P Trifonova, Yulia S Kisrieva, Andrey V Lisitsa, Irina I Karuzina, Irina I Karuzina y Alexander I Archakov

La proteómica a menudo aprovecha el corte secuencial del carril de gel SDS-PAGE en rebanadas con la posterior identificación de proteínas por masa peptídica huella dactilar (PMF). En este trabajo, se investigó la influencia del grosor del corte en la identificación de proteínas. Después de la separación de la fracción microsómica del hígado humano, el rango de 37 a 75 kDa de la pista de gel se cortó en 20 o 40 rebanadas de 0,5 mm y 0,25 mm de espesor, respectivamente. La identificación de proteínas después de la tripsinolisis se realizó mediante espectrometría de masas MALDI-TOF. Una reducción del doble del grosor del corte no influyó en el número de picos en los espectros de PMF. Se estableció que, con una tolerancia de 0,15 Da, el número de proteínas identificadas en la serie de 40 cortes superaba en más del doble el número de identificaciones en la serie de 20 cortes. Se demostró que la disminución del grosor del corte conduce a una mejora considerable de la intensidad del pico del péptido y, también, a los cambios en los espectros de PMF que resultaron en la obtención de péptidos adicionales para el enriquecimiento de la cobertura de la secuencia.