Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Uso novedoso de perfiles proteómicos en un clasificador de conjuntos de casco convexo para Predecir la susceptibilidad de los pacientes con cáncer ginecológico a los Mucositis como efecto secundario de la radioterapia

Ralph L Kodell, Randy S Haun, Eric R Siegel, Chuanlei Zhang, Angela B Trammel, Martin Hauer-Jensen y Alexander F Burnett

Antecedentes: la radioterapia de toda la pelvis es una práctica común en el tratamiento posquirúrgico del cáncer de cuello uterino y de endometrio. La mucositis gastrointestinal es un efecto secundario adverso de la radioterapia y es una preocupación principal en el manejo del paciente. Investigamos si la información proteómica obtenida de muestras de sangre extraídas de pacientes programadas para recibir radioterapia por cánceres ginecológicos podría usarse para predecir qué pacientes son más susceptibles a la mucositis gastrointestinal inducida por radiación, con el fin de mejorar la individualización de la radioterapia. Métodos: Utilizamos 132 proteínas medidas en 17 pacientes con cáncer ginecológico en un clasificador de conjunto de votación selectiva basado en un casco convexo para clasificar a cada paciente en una de dos clases: pacientes que no (clase 1) o que desarrollarían (clase 2) mucositis gastrointestinal . Empleamos 20 repeticiones de validación cruzada de 10 veces para medir la precisión de la clasificación. Resultados: logramos un intervalo de confianza del 95 % en la precisión de predicción promedio de (0,711, 0,771) usando perfiles proteómicos previos a la radiación para predecir qué pacientes experimentarían mucositis gastrointestinal. El análisis de la ruta de las 12 proteínas más destacadas indicó que podían ensamblarse en una única red de interacción con asociaciones directas. La función asociada con el mayor número de estas 12 proteínas fue la señalización e interacción de célula a célula. Conclusiones: Los perfiles proteómicos previos a la radiación tienen el potencial de clasificar a las pacientes con cáncer de cuello uterino/endometrio con alta precisión en cuanto a su susceptibilidad a la mucositis gastrointestinal después de la radioterapia. Se justifica un estudio adicional de la red de 12 proteínas identificadas con una muestra más grande de pacientes para confirmar que estas proteínas son predictivas de mucositis gastrointestinal en esta población de pacientes.