Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis de modo normal de celulasa termófila FnCel5A utilizando modelos de redes elásticas

Shah Faisal Mohammad, Fawad Ali, Mueed Ur Rahman y Asim Muhammad

El análisis de modo normal (NMA) basado en modelos de redes elásticas es un enfoque computacional eficaz, rentable y potente para caracterizar la flexibilidad de las proteínas y la dinámica resultante. En este estudio, hemos analizado una sola estructura de proteína, una enzima hipertermófila (FnCel5A) con un ID de PDB dado: 3rjy, para calcular energías de deformación, valores propios, fluctuaciones y desplazamientos atómicos, y matrices de superposición y correlación que muestran correlaciones entre todos. de los movimientos del átomo C-alfa en la estructura FnCel5A. El servidor WEBnm@ se utilizó para proporcionar un análisis de modo de estructura de proteína normal de baja frecuencia computacional automatizado rápido. El análisis monomodo mediante NMA se ha aplicado en el servidor web, lo que puede proporcionar una funcionalidad mejorada recientemente para las estructuras de proteínas individuales. Esto incluye una nueva visualización de movimientos de proteínas, correlaciones entre aminoácidos y análisis de transición conformacional aplicando el análisis de superposición. Además, hemos estudiado el análisis estructural y monomodo de FnCel5A (PDB: 3rjy) para calcular los modos de proteína de frecuencia más baja y normal. Este estudio proporciona suficiente información sobre la flexibilidad del bucle y las regiones de factores B más altas de FnCel5A que desempeñan un papel importante en el diseño racional y semirracional para diseñar esta enzima para mejorar la actividad.