Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Nuevos minimotivos y sus funciones en el término C

Surbhi Sharma1, Nemanja Novakovic1, Zachary Thomas FitzHugh1,2, Alexandria Bragg1, Stephen Brooks1, Xiaogang Wu2, Martin R. Schiller1,2*

Varios dominios y receptores de proteínas reconocen minimotivos en los extremos carboxilo cortos de proteínas y controlar el agrupamiento de proteínas, el tráfico y las modificaciones postraduccionales. Estos C-terminales funcionales Los minimotivos se encuentran en aproximadamente el 17% de las proteínas en el proteoma humano, con un 83% de proteínas desconocidas. trascendencia funcional. Probamos un enfoque bioinformático/proteómico para identificar sistemáticamente nuevos C-terminales funciones de minimotivo. Seleccionamos 30 minimotivos C-terminales de consenso putativo en función de su enriquecimiento de pliegues y complejidad de la secuencia. Estos 30 minimotivos de consenso tenían instancias en el 16% de los C-terminales en el proteoma humano. Los socios vinculantes para una instancia representativa de cada minimotivo C-terminal de consenso fueron identificado por cromatografía líquida de purificación de afinidad-espectrometría de masas en tándem. Validamos el enfoque con una instancia de minimotif C-terminal de unión a PDZ, SDV> e identificó 436 nuevos interactuadores potenciales. Para Se redescubrieron 7 de los 30 nuevos minimotivos C-terminales, 32 interactores previamente conocidos. En general, el los experimentos admiten 2.048 nuevos socios vinculantes para los 30 minimotivos C-terminales. Muchos interactuadores del Lxxxl> y QxxL> los patrones de secuencia minimotif tienen un papel en el empalme del ARN y el ciclo celular, respectivamente. El residuos clave de consenso para los nuevos minimotivos estaban en posiciones de mutaciones patogénicas para 6 enfermedades dando conocimiento del mecanismo de la enfermedad. En conclusión, los 30 nuevos minimotivos de consenso C-terminal cubren el 16% de el término C humano, ayudan a identificar los posibles mecanismos de la enfermedad, y este enfoque se puede escalar para determinar las funciones de la proteína C-terminal en el C-terminal humano.