Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Navegación por los datos de epítopos inmunitarios relacionados con la diabetes: recursos y herramientas proporcionados por la base de datos de epítopos inmunitarios (IEDB)

Kerrie Vaughan, Bjoern Peters, Roberto Mallone, Matthias von Herrath, Bart O. Roep y Alessandro Sette

Antecedentes:
La base de datos de epítopos inmunitarios (IEDB), originalmente centrada en enfermedades infecciosas, se amplió recientemente a enfermedades de alergia, trasplante y autoinmunidad. Aquí nos centramos en la diabetes, elegida como prototipo de enfermedad autoinmune. Utilizamos un tutorial combinado y un formato de metanálisis, que demuestra cómo se pueden responder las preguntas comunes relacionadas con los epítopos de la diabetes.
Resultados:
Un total de 409 referencias están capturadas en el IEDB que describe >2500 epítopos de antígenos asociados a la diabetes. La gran mayoría de los datos se derivaron de GAD, insulina, IA-2/PTPRN, IGRP, ZnT8, HSP e ICA-1, y los experimentos relacionados con los epítopos de células T y la unión de MHC superan con creces los ensayos de células B. Ilustramos cómo buscar por antígenos, epítopos o huéspedes específicos. Otros ejemplos incluyen la búsqueda de tetrámeros o epítopos restringidos por alelos específicos o ensayos de interés, o la búsqueda basada en el estado clínico del huésped.
Conclusiones:
El inventario de todos los datos de epítopos de diabetes publicados facilita su acceso a la comunidad científica. Si bien la recopilación global de datos primarios de la literatura refleja posibles sesgos de investigación presentes en la literatura, el enfoque de búsqueda flexible permite a los usuarios realizar consultas adaptadas a sus preferencias, incluyendo o excluyendo datos según corresponda. Además, el análisis destaca las lagunas de conocimiento e identifica áreas para futuras investigaciones.