Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Danette L. Daniels, Michael Ford, Marie K. Schwinn, Hélène Benink, Matthew D.Galbraith, Ravi Amunugama, Richard Jones, DavidAllen, NorikoOkazaki, Hisashi Yamakawa, Futaba Miki, Takahiro Nagase, Joaquín M.Espinosa y marjeta ur
El complejo macromolecular Mediator desempeña funciones importantes en la regulación de la actividad de la ARN polimerasa II (RNAPII) mediante proteínas de unión al ADN, ARN no codificantes y cromatina. Los estudios estructurales y bioquímicos han demostrado que el Mediador humano existe en dos formas; un complejo central de 26 proteínas, denominado Mediador, y un complejo más grande que contiene el módulo de quinasa CDK8, denominado CDK8-Mediador. Curiosamente, 3 subunidades del módulo de quinasa se han sometido a duplicaciones de genes independientes en vertebrados para generar los pares de parálogos MED12/MED12L, MED13/MED13L y CDK8/CDK19. Se ha demostrado que cada uno interactúa con Mediator, pero definir claramente la composición del módulo de la quinasa CDK ha sido un desafío debido al gran tamaño (≤600 kD), las similitudes entre los parálogos y la posible naturaleza combinatoria de los complejos. En este estudio, realizamos un análisis proteómico sistemático utilizando la tecnología HaloTag para aislar cada miembro del módulo de quinasa (MED12, MED12L, MED13, MED13L, CDK8, CDK19 y Cyclin C) y sus compañeros de interacción de las células HEK293T. Usando LC-MS/MS, pudimos diferenciar parálogos dentro de las muestras mediante análisis específicos de péptidos únicos. Descubrimos que los parálogos se ensamblan en CDKMediator de manera mutuamente excluyente, lo que permite hasta ocho ensamblajes diferentes del módulo CDK, con potencial para la especialización funcional de los complejos Mediator. Curiosamente, encontramos que los complejos MED13L llevan la subunidad MED26, que se ha demostrado que está ausente o en muy baja abundancia en CDK-Mediator. Esta variante única del complejo Mediator puede reconciliar las observaciones recientes que demuestran las funciones de MED26 y CDK8 en el control positivo de la elongación de RNAPII. Juntos, estos datos amplían la comprensión de los complejos y la composición de CDK-Mediator.