Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis estadístico multivariable de diversas cepas de Yersinia pestis mediante proteómica comparativa

Todd H Corzett, Angela M Eldridge, Jennifer S Knaack, Christopher H Corzett, Sandra L McCutchen-Maloney y Brett A Chromy

Para abordar la dificultad de caracterizar patógenos inusuales, manipulados o emergentes en muestras clínicas y ambientales, se necesitan métodos novedosos para descubrir proteínas que diferencien las cepas patógenas. Las proteínas expresadas diferencialmente que revelan la función de una cepa de bacterias no caracterizada pueden considerarse biomarcadores; paneles de estos pueden conducir a una mejor clasificación y caracterización de patógenos. Para ello, se estudiaron los patrones de expresión proteica de aislados diferencialmente virulentos del patógeno de la peste, Yersinia pestis, mediante electroforesis en gel de diferencia bidimensional (2-D DIGE). La caracterización resultante se utilizó para identificar un panel de expresión de proteínas para la agrupación y clasificación de las cepas de Y. pestis. Se utilizaron dos métodos diferentes para producir diferentes paneles de biomarcadores basados en agrupaciones experimentales o basadas en patrones. Cada panel puede clasificar con éxito muestras desconocidas de manera ciega, lo que permite un descubrimiento imparcial de proteínas expresadas diferencialmente, así como la clasificación rápida de patrones de expresión de proteínas.