Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Separación multidimensional mediante HILIC y prefraccionamiento SCX para plataforma RP LC-MS/MS con lista de exclusión automatizada Adquisición de datos de MS con mayor cuantificación de proteínas

Yu Zhou, Zhen Meng, Maria Edman-Woolcott, Sarah F Hamm-Alvarez y Ebrahim Zandi

La proteómica basada en cromatografía líquida y espectrometría de masas (LC-MS) es una de las plataformas analíticas más utilizadas para el descubrimiento y la cuantificación de proteínas a nivel mundial. Uno de los desafíos es la dificultad de identificar proteínas biomarcadoras de baja abundancia a partir de muestras biológicas limitadas. Sin embargo, el fraccionamiento extensivo podría expandir el rango dinámico de la proteómica, a costa de un alto consumo de muestra y tiempo. Un fraccionamiento extenso aumentaría la necesidad de muestras y el costo del etiquetado. También la proteómica cuantitativa que depende de MS de alta resolución tiene la limitación de la velocidad de adquisición espectral. Esos problemas prácticos dificultan el análisis proteómico cuantitativo en profundidad, como los experimentos de etiquetas de masa en tándem (TMT). Descubrimos que el uso conjunto de la cromatografía líquida de interacción hidrofílica (HILIC) y el prefraccionamiento de la cromatografía de intercambio catiónico fuerte (SCX) a nivel medio podría mejorar la eficiencia de MS/MS, aumentar la cobertura del proteoma, acortar el tiempo de análisis y ahorrar muestras valiosas. Además, escribimos un programa, Exclusion List Convertor (ELC), que automatiza y agiliza el flujo de trabajo de adquisición de datos mediante el método de exclusión de iones precursores (PIE). PIE reduce la redundancia de los análisis de MS/MS de alta abundancia mediante la ejecución de réplicas de la muestra. Los iones precursores detectados en la(s) ejecución(es) inicial(es) se excluyen para MS/MS en la ejecución posterior. Comparamos los métodos PIE con los métodos estándar de adquisición dependiente de datos (DDA) que ejecutan réplicas sin PIE por su eficacia en la cuantificación de péptidos y proteínas etiquetados con TMT en lágrimas de ratón. Cuantificamos un total de 845 proteínas y 1401 péptidos utilizando el flujo de trabajo PIE, mientras que el método DDA solo resultó en 347 proteínas y 731 péptidos. Esto representa un aumento del 144 % en las identificaciones de proteínas como resultado del análisis PIE.