Revista de química física y biofísica
Acceso abierto

abstracto

Simulación de dinámica molecular de proteínas: una breve descripción

Sachin Patodia, Ashima Bagaria y Deepak Chopra

La simulación MD se ha convertido en una herramienta esencial para comprender la base física de la estructura de las proteínas y sus funciones biológicas. Durante la década actual, fuimos testigos de un progreso significativo en la simulación MD de proteínas con avances en algoritmos de simulación atomística, campos de fuerza, métodos e instalaciones computacionales, análisis integral y validación experimental, así como integración en bioinformática de área amplia y marcos de biología estructural/de sistemas. En esta revisión, presentamos la metodología sobre simulaciones de proteínas y los avances recientes en el campo. La simulación MD proporciona una plataforma para estudiar las interacciones proteína–proteína, proteína–ligando y proteína–ácido nucleico. La simulación MD también se realiza con la escala de tiempo de relajación de RMN para obtener el acoplamiento dipolar residual y el parámetro de orden de las moléculas de proteína.