Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Clonación molecular de genes de MAP quinasa e identificación in silico de sus factores de transcripción aguas abajo involucrados en la patogénesis del carbón parcial (Tilletia indica) del trigo

Atul K Gupta, Anshita Goel, JM Seneviratne, GK Joshi y Anil Kumar

Las vías de la proteína quinasa activada por mitógenos (MAPK) controlan diversas funciones celulares en hongos patógenos , incluida la diferenciación sexual, la respuesta al estrés y el mantenimiento de la integridad de la pared celular. Aquí identificamos y caracterizamos los genes MAPK de T indica, que son homólogos a los otros hongos, a saber. Pmk1 (Patogenicidad MAP Quinasa-1) y Fus3 que se sabe que juega un papel importante en la patogenicidad y la respuesta de feromonas de apareamiento durante el desarrollo fúngico. Se realizó a través de la amplificación del ADN genómico específico del gen, la clonación, la secuenciación, la coincidencia de homología, la anotación, el análisis de motivos, la predicción de la estructura y la interacción proteína-proteína. Se aplicaron enfoques de genómica comparativa para estudiar el papel de dichos genes implicados en la patogénesis. Estos análisis brindan nuevos conocimientos sobre las similitudes y diferencias, así como las características específicas de los genomas de T indica en comparación con Saccharomyces cerevisae y Ustilago maydis. La alineación de secuencias múltiples y el análisis de motivos de estos genes revelaron una alta conservación. El resultado de la predicción de la estructura mostró que los modelos son auténticos con un 88,9 % de residuos en las regiones más favorecidas en TiFus3 mientras que un 83,1 % de residuos en TiPmk1. Las regulaciones funcionales clave de estos genes involucraron numerosos procesos biológicos, incluido el desarrollo de hongos y la patogénesis, también se pueden lograr mediante la comprensión de la interacción proteína-proteína utilizando un factor de transcripción Ste12p objetivo aguas abajo. La interacción entre dos pares diferentes de proteínas, es decir, TiPmk1 con Ste12p y TiFus3 con Ste12p, mostró que TiPmk1 interactúa con Ste12p con -551,19 kcal de energía total, mientras que TiFus3 interactúa con Ste12p -157,76 kcal de energía total. Actualmente no hay evidencia directa de ninguna activación directa de este factor de transcripción por MAP quinasa en T indica, el estudio de interacción in silico brinda amplias oportunidades para validar su papel en la patogénesis y el desarrollo fúngico. Por lo tanto, en última instancia conducirá a ayudar en el desarrollo de nuevas estrategias para controlar la enfermedad del carbón Karnal (KB) del trigo, provocada por T indica.