Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Clonación molecular y análisis comparativo in silico de genes de calmodulina de cereales y mijo para comprender el mecanismo de acumulación diferencial de calcio

Manoj Nath, Anshita Goel, Gohar Taj y Anil Kumar

Gen de calmodulina (CaM): se clonó un sensor de calcio mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa< /strong> (PCR) de cereales y mijo usando un solo conjunto de cebadores diseñados a partir de EST de Eleusine coracana disponibles en la base de datos dbEST. Los amplicones de PCR de 613 pb se observaron consistentemente en todos los cereales y mijo excepto Setaria italica. Los amplicones de estos cereales se eluyeron en gel, se clonaron, se secuenciaron y se sometieron a búsqueda de homología, alineamiento de secuencias múltiples, construcción de árboles filogenéticos y análisis de motivos. La búsqueda de homología con fi rmó su identidad con los genes CaM a excepción de Triticum aestivum. El alineamiento de secuencias múltiples de las secuencias de aminoácidos de CaM traducidas con fi rmó la presencia de secuencias de consenso conservadas de 110 aminoácidos, que se observó uniformemente en diferentes cereales y mijo excepto Sorghum bicolor. El árbol filogenético construido a partir de secuencias de proteínas de genes CaM clonados reveló una estrecha relación evolutiva entre tres variedades de Eleusine coracana (PRM-1, PRM-701 y PRM-801) y Hordeum vulgare en comparación con otros cereales y mijo que también poseen una mayor concentración de calcio en las semillas. Por lo tanto, indica que la variación estructural en CaM tiene algún papel en la acumulación diferencial de calcio. Tres manos EF asociadas con un gen CaM estuvieron presentes consistentemente excepto Sorghum bicolor, que tiene solo dos manos EF. El análisis estructural 3D in silico de las secuencias clonadas mostró un patrón similar y revela un alto grado de conservación en CaM en términos de estructura e interacción con los iones de calcio, lo que refleja la necesidad de seguir investigando el papel de las isoformas de CaM. , sus patrones de expresión y su interacción aguas abajo con la maquinaria de transporte involucrada en la acumulación de calcio.