Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

ModLS: puntuación de localización de modificación postraduccional con expansión automática de especificidad

David C. Trudgian, Rachelle Singleton, Matthew E. Cockman, Peter. J. Ratcliffe y Benedikt M. Kessler

La puntuación de localización basada en la probabilidad de las identificaciones de sitios de fosforilación de espectro de masas de fragmentos se ha convertido en una práctica común para confirmar las asignaciones de modificación del motor de búsqueda e indicar el grado de certeza con el que están definidos. También se requiere la localización de modificaciones distintas de la fosforilación, pero las herramientas actuales la admiten con menos frecuencia. Estas otras modificaciones, como la hidroxilación, pueden tener una amplia especificidad de aminoácidos y pueden asignarse incorrectamente cuando no se considera la especificidad correcta en una búsqueda en la base de datos de MS. Además, el software de localización suele ser específico de un motor de búsqueda de MS/MS en particular y no se puede utilizar para localizar modificaciones identificadas por varios motores de búsqueda. ModLS, una nueva herramienta dentro de nuestro canal de instalaciones de proteómica central (CPFP) disponible gratuitamente, aplica un método de puntuación de localización a modificaciones postraduccionales (PTM) arbitrarias. Además de localizar PTM en función de las especificidades de aminoácidos que se incluyen en la búsqueda inicial, ModLS puede considerar automáticamente especificidades adicionales de UniMod. Esto puede ayudar a evitar ‘modificación correcta, aminoácido incorrecto’ errores que pueden ocurrir cuando se buscan datos usando solo un subconjunto de especificidades de PTM. La puntuación de localización se puede realizar en los resultados de cualquier motor de búsqueda incorporado dentro de la canalización, o cuando se combina la salida de motores de búsqueda individuales para brindar una mayor cobertura. Demostramos el rendimiento de ModLS utilizando un conjunto de datos de péptidos fosforilados disponible públicamente, lo que demuestra que supera el enfoque Mascot Delta Score recientemente caracterizado para datos CID y MSA, y es comparable para datos HCD. Además, mostramos la utilidad de la expansión de especificidad automática utilizando datos de péptidos hidroxilados y metilados. ModLS es una herramienta de localización fácil de usar para modificaciones arbitrarias. Su inclusión dentro de CPFP permite que la localización de PTM se realice rápida y fácilmente en conjuntos de resultados grandes o pequeños, desde múltiples motores de búsqueda. La expansión de la especificidad, introducida en ModLS, permite identificar y minimizar asignaciones incorrectas de modificaciones debido a una consideración incompleta de las especificidades.