Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

MLVA_Normalizer: flujo de trabajo para la normalización de perfiles MLVA y Intercambio de datos entre laboratorios

Paul Bachelerie, Arnaud Felten, Marie-Leone Vignaud, Benjamin Glasset, Carole Feurer, Renaud Lailler y Sabrina Cadel Six

Motivación: MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) es un método de tipificación utilizado hoy en día para caracterizar varios patógenos importantes como Brucella, Mycobacterium tuberculosis o Salmonella. Se aprovecha de la comparación del tamaño de loci genómicos específicos constituidos por secuencias repetidas en tándem. Desafortunadamente, la estimación del tamaño sin procesar depende del instrumento y, en consecuencia, los resultados obtenidos no se pueden comparar sin la normalización entre los laboratorios involucrados en el monitoreo de enfermedades, la vigilancia y los controles oficiales.

Resultados: para superar este problema, desarrollamos una herramienta de flujo de trabajo, MLVA_normalizer, concebida para normalizar los resultados de MLVA. Esta herramienta de flujo de trabajo de normalización está diseñada para aplicarse a cualquier género bacteriano y no depende del protocolo MLVA utilizado.

Disponibilidad: MLVA_normalizer está disponible bajo la licencia pública general GNU (versión 2, junio de 1991). El código fuente está disponible en: https://github.com/afelten-Anses/MLVA_normalizer.