Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis de datos estadísticos de expresión génica de micromatrices de tres formas clínicas diferentes de muestras estimuladas de tuberculosis humana en el paquete Bioconductor R

Umar Shittu1, Mohammed Abu Naser, Zainab-L Idris y Maryam SA

El objetivo general de esta investigación identificó y explora el uso de herramientas estadísticas de expresión génica de micromatrices disponibles en el paquete Bioconductor R para visualización de imágenes, control de calidad de datos, corrección de fondo, resumen, normalización e identificación de expresión génica altamente diferencial a partir de datos de expresión génica de micromatrices de infecciones de tuberculosis humana. Las muestras estimuladas con solución salina tamponada con fosfato (PBS) de datos de expresión génica de microarrays de tuberculosis humana, como infección de TB pulmonar (PTB), infección de TB meníngea (TBM) e infección de TB latente (LTB), se recopilaron de GEO-NCBI (Gene Expression Omnibus-National Center for Biotechnical information’s) en formato de archivo CEL con número de acceso: GSE11199 y todos los análisis se realizaron en los paquetes R. Estos análisis identificaron y exploraron el uso de la herramienta AffyQCReport, affycoretools, PCA, MAS 5.0 y GCRMA para el preprocesamiento de datos de expresión génica de micromatrices y para la identificación de genes expresados de manera significativa. LIMMA se utilizó y exploró como una herramienta estadística para dicho análisis. El análisis estadístico de LIMMA indica que hubo una diferencia significativa entre las tres formas diferentes de tuberculosis humana. Por lo tanto, la mayoría de los genes expresados significativamente en ambos grupos eran genes responsables de la respuesta inmune celular. Los resultados de tres grupos de comparación diferentes generados a partir del análisis LIMMA se analizaron más a fondo utilizando el coeficiente de correlación = 1, cuando el valor p lt; = 0,05 y el diagrama de Venn generado, los resultados del diagrama de Venn muestran que la mayoría de los genes estaban regulados al alza, lo que indica menos disminución en la tasa de expresión génica pero aumento entre los genes regulados de la tuberculosis estimulada y se observaron más genes con mayor expresión que aquellos con menor expresión durante la comparación de los tres grupos. Sugirió la recomendación de que los resultados obtenidos de este estudio se puedan utilizar en análisis posteriores para la detección y el control de infecciones de tuberculosis humana.