John R Caskey, Roger W Wiseman, Julie A Karl, David A Baker, Taylor Lee, Robert J Maddox, Muthuswamy Raveendran, R Alan Harris, Jianhong Hu, Donna M Muzny, Jeffrey Rogers y David H O’Connor
La variación del complejo principal de histocompatibilidad (MHC) del macaco rhesus de la India puede influir en los resultados de los trasplantes y los estudios de enfermedades infecciosas. Con frecuencia, los macacos rhesus se genotipifican con MHC para identificar variantes que podrían explicar resultados inesperados. Dado que el MHC es solo una región en el genoma donde la variación podría afectar los resultados experimentales, serían útiles las estrategias para perfilar simultáneamente la variación en el MHC del macaco y el resto del genoma que codifica la proteína. Aquí determinamos los genotipos de MHC de clase I y clase II utilizando sondas de captura de destino enriquecidas para secuencias de MHC, un método que denominamos genotipado de secuencia de exoma de macaco (MES). Para una cohorte de 27 macacos rhesus indios, describimos dos métodos para obtener genotipos de MHC a partir de datos de MES y demostramos que los resultados de genotipado de MHC de clase I y clase II obtenidos con estos métodos son 98,1 % y 98,7 % concordantes, respectivamente, con los genotipos de MHC esperados. . Por el contrario, los resultados del genotipado de MHC convencional obtenidos mediante la secuenciación profunda de amplicones de PCR multiplex cortos solo coincidieron en un 92,6 % con las expectativas para esta cohorte.