Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Metanálisis de la alineación estructural de proteínas

Jim Havrilla y Ahmet Saçan

La estructura tridimensional de una molécula de proteína proporciona información importante sobre su función biológica. El alineamiento estructural de proteínas es una tarea importante y ampliamente realizada en el análisis de estructuras de proteínas, mediante el cual se identifican segmentos funcional y evolutivamente importantes. Sin embargo, el alineamiento estructural es un problema computacionalmente difícil y un gran número de heurísticas introducidas para resolverlo no concuerdan en sus resultados. En consecuencia, no existe una solución ampliamente aceptada para el problema de alineación de la estructura. En este estudio, presentamos un enfoque de metanálisis para generar el mejor resultado reoptimizado utilizando las alineaciones generadas a partir de varios métodos populares. Las evaluaciones de los métodos en un gran conjunto de alineaciones por pares de referencia indican que TMalign (alineación de modelado de plantilla) proporciona alineaciones superiores (excepto RMSD, desviación cuadrática media), en comparación con otros métodos que hemos examinado. Smolign (Spatial Motifs Based Multiple Protein Structure Alignment) proporciona núcleos más pequeños que otros métodos con los mejores valores de RMSD. La reoptimización de las alineaciones utilizando el método de optimización TM-align’no altera el rendimiento relativo de los métodos. Además, se han realizado enfoques de visualización para delinear las relaciones de los métodos de alineación y se han proporcionado sus resultados