Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Parametrización mecanicista de la señal cinómica en matrices peptídicas

Alex Dussaq, Joshua C Anderson, Christopher D Willey y Jonas S Almeida

Las quinasas desempeñan un papel en todos los procesos celulares implicados en la tumorigénesis, desde la proliferación, la migración y la síntesis de proteínas hasta la reparación del ADN. Si bien la secuenciación genética ha identificado la mayoría de las quinasas en el genoma humano, no describe el ‘kinoma’ en el nivel de actividad de las quinasas contra sus objetivos de sustrato. En PamGene PamChip® system, que registra y compara la fosforilación de 144 péptidos de tirosina o serina/treonina a medida que son fosforilados por quinasas celulares. En consecuencia, la cinética de esta señal cinómica dependiente del tiempo debe comprenderse bien para convertir un conjunto de parámetros en un modelo matemático preciso y significativo.

Aquí presentamos el análisis y el modelado matemático de la serie temporal cinómica, que logra una descripción más precisa de la acumulación de producto fosforilado que el modelo actual, que asume una cinética enzima-sustrato de primer orden. Se prestó especial atención a la reproducibilidad de la solución propuesta. Específicamente, el procedimiento de parametrización no lineal se entrega como una aplicación web pública de código abierto donde las series temporales cinómicas se pueden descomponer con precisión en los dos valores de los parámetros del modelo que miden la capacidad y la tasa de fosforilación. La capacidad de ofrecer la parametrización del modelo en su totalidad como una aplicación web del lado del cliente es un resultado importante por sí mismo, dada la creciente preocupación científica por la reproducibilidad. Tampoco hay necesidad de un componente del lado del servidor potencialmente transitorio y opaco mantenido por los autores, ni de intercambiar datos potencialmente confidenciales como parte del proceso de parametrización del modelo, ya que el código se transfiere al cliente del navegador donde se puede inspeccionar y ejecutar.