Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Cromatografía Líquida-Espectrometría de Masas Metabólica y Lipidómica Flujo de trabajo de preparación de muestras para células de mamíferos cultivadas en suspensión utilizando células de linfocitos T Jurkat

Candice Z Ulmer, Richard A Yost, Jing Chen, Clayton E Mathews y Timothy J Garrett

La metabolómica es el estudio integral del metabolismo en lo que respecta a un organismo o sistema biológico. La lipidómica, una disciplina de subconjunto de la metabolómica, abarca el estudio de las funciones de los lípidos celulares: incluidas las vías, las redes y las interacciones. La abundancia de metabolitos y lípidos, junto con su contribución a la salud y la enfermedad, hace que la metabolómica sea una herramienta valiosa para la investigación de biomarcadores. La identificación de biomarcadores de enfermedades requiere una plataforma analítica reproducible, sensible y precisa. Aunque las áreas de transcriptómica y proteómica tienen protocolos bien establecidos para la preparación de muestras y el procesamiento de datos, el campo de la metabolómica todavía está desarrollando convenciones estandarizadas comparables. Además, de los pocos estudios metabolómicos comparativos de LC-MS que se han aplicado a cultivos de células de mamíferos, la mayoría están dirigidos a líneas celulares adherentes. El propósito de este trabajo fue optimizar un flujo de trabajo de preparación de muestras para el análisis metabolómico celular de células de mamíferos cultivadas en suspensión utilizando linfocitos T Jurkat disponibles comercialmente como sistema modelo. La investigación actual evaluó las técnicas de preparación de muestras de uso común para determinar la reproducibilidad, la precisión y la aplicabilidad al descubrimiento de biomarcadores no dirigidos. Los resultados muestran que las soluciones de enjuague celular amoniacal son un medio eficaz para eliminar los componentes extracelulares presentes en los medios sin causar supresión de iones ni afectar la integridad de la membrana celular. Además, se diseñó un flujo de trabajo novedoso para permitir el análisis combinado de metabolitos y lípidos de células en suspensión de mamíferos a partir de un único sedimento celular. El protocolo de extracción de lípidos de Folch se combinó con un aislamiento de metabolitos de MeOH al 80 % para garantizar una alta eficiencia de extracción de fosfolípidos y triacilglicéridos. Si bien el flujo de trabajo se adaptó a las células en suspensión, también se pudo aplicar a las líneas celulares adherentes.