Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Nicola Luigi Bragazzi, Luca Giacomelli, Victor Sivozhelezov y Claudio Nicolini
Los microarreglos de ADN son uno de los métodos más prometedores para la genómica molecular, pero esta técnica a menudo se asocia con complicaciones experimentales y dificultades en el análisis. Además, la mayor parte de los genes que se muestran en una matriz a menudo no están directamente involucrados en el proceso celular que se estudia. Recientemente, propusimos un algoritmo de minería de datos, basado en la identificación de genes involucrados en un proceso dado, el cálculo de interacciones entre ellos y su clasificación según el número de interacciones. Los genes en el grupo más alto se definen como "genes líderes". Estos hallazgos pueden conducir a una experimentación ad hoc y, por lo tanto, más significativa. Sin embargo, en la actualidad este complejo proceso se realiza de forma manual. En este trabajo, presentamos la arquitectura general de LeaderGene, una herramienta automatizada para la genómica molecular ab-initio. Tres partes diferentes e independientes: (1) Identificación de la lista de genes; (2) Cálculo del número ponderado de enlaces; (3) Agrupación de genes. Las entradas iniciales son proporcionadas por el usuario; luego, la salida de la parte 1 y la parte 2, respectivamente, se convierten en entradas de las partes 2 y 3. El desarrollo de un software fácil de usar capaz de calcular automáticamente los genes líderes en un sistema celular dado permitirá mayores avances en este campo de la genómica molecular.