Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Supervisión basada en LC/MS de marcadores de descomposición endógenos para la calidad Evaluación de muestras de suero

Jorg Oliver Thumfart, Nada Abidi, Sonani Mindt, Victor Costina, Ralf Hofheinz, Frank Klawonn, Michael Neumaier y Peter Findeisen

Introducción: Las variaciones preanalíticas tienen un gran impacto en la mayoría de los ensayos biológicos. Específicamente, los análisis proteómicos multiparamétricos basados en MS de muestras de sangre se ven gravemente afectados por la limitada estabilidad de las proteínas debido a la alta actividad proteolítica intrínseca del suero y el plasma. Sin embargo, el análisis directo de la calidad de la muestra (DASQ) para especímenes de suero no está fácilmente disponible. Aquí proponemos el monitoreo basado en espectrometría de masas de patrones de péptidos que cambian ex vivo de una manera dependiente del tiempo para aliviar estas limitaciones.

Materiales y métodos: se analizaron muestras de suero de controles sanos (n=3) y pacientes con cáncer colorrectal para detectar un conjunto de péptidos endógenos (n=62). Los respectivos fragmentos proteolíticos se controlaron con LC/MS en diferentes momentos preanalíticos en el tiempo que van desde 1 hora hasta 48 horas después de la extracción de sangre. Se construyó un algoritmo con un conjunto de entrenamiento de muestras de suero de pacientes con cáncer colorrectal (n=30). Se utilizó un conjunto de prueba independiente de pacientes (n = 20) para una mayor validación.

Resultados: el coeficiente de determinación (R2) para la regresión lineal de puntos reales y estimados en el tiempo fue de 0,89. Sin embargo, la precisión de la clasificación para las muestras con un período de tiempo preanalítico inferior a 8 h fue mayor en comparación con las muestras más antiguas (>8 h).

Conclusión: los péptidos endógenos se procesan en muestras de sangre de forma dependiente del tiempo. Este ‘reloj de degradación proteómica’ se puede utilizar para estimar la calidad preanalítica de las muestras de suero. Esto es específicamente relevante antes de los enfoques de perfiles proteómicos en profundidad u otros análisis laboriosos en aplicaciones de investigación o diagnóstico. En consecuencia, las muestras de baja calidad pueden identificarse y, posteriormente, excluirse de análisis posteriores para evitar cualquier sesgo preanalítico no deseado.