Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Análisis a gran escala de los patrones de recombinación V(D)J de la cadena pesada humana

Joseph M. Volpe y Thomas B. Kepler

Antecedentes: los procesos involucrados en el ensamblaje somático de los genes del receptor de antígeno son exclusivos del sistema inmunitario y están impulsados en gran medida por eventos aleatorios. Sin embargo, pueden existir sesgos sutiles que proporcionen pistas sobre los mecanismos moleculares involucrados en su ensamblaje y selección. Los esfuerzos a gran escala para proporcionar datos básicos sobre las características genéticas de los genes de inmunoglobulina (Ig) y los mecanismos involucrados en su ensamblaje han sido posibles recientemente debido al rápido crecimiento de las bases de datos genéticas. Resultados: Recopilamos y analizamos casi 6500 genes productivos de cadena pesada de Ig humana y los comparamos con 325 genes de Ig no productivos que originalmente se reorganizaron fuera del marco y, por lo tanto, no pudieron ser sesgados por la selección. Encontramos evidencia de diferencias en las distribuciones de longitud del tramo de n-nucleótidos que tienen interpretaciones interesantes para los mecanismos involucrados en la polimerización de nnucleótidos. Además, encontramos evidencia estadística sorprendente para las preferencias de emparejamiento entre los segmentos D y J. Presentamos un modelo estadístico para respaldar nuestra hipótesis de que estos sesgos de emparejamiento se deben a múltiples reordenamientos secuenciales de D a J. Conclusión: presentamos aquí las estimaciones más precisas de las frecuencias de uso de segmentos de genes actualmente disponibles junto con análisis sobre las distribuciones de n-nucleótidos y las preferencias de pares de segmentos D-J. Además, proporcionamos la primera evidencia estadística de que se producen recombinaciones D-J secuenciales en el locus de la cadena pesada humana durante la ontogenia de las células B con una frecuencia aproximada del 20 %.