Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

IntGeom: un servidor para el cálculo de la geometría de interacción entre grupos planos en proteínas

Arumay Pal, Rajasri Bhattacharyya, Maitrayee Dasgupta, Saptarshi Mandal y Pinak Chakrabarti

IntGeom es un servidor para el cálculo de la orientación relativa entre dos grupos planos en cadenas laterales de proteína. IntGeom1 considera diez grupos planos, mientras que IntGeom2 está diseñado para estudiar el contacto entre un grupo que contiene S y un residuo aromático. Cuando la interacción es entre dos residuos aromáticos o involucra un anillo aromático con Pro o Arg o una cadena lateral de amida, la aparición de cualquier C−H⋅⋅⋅π (N+H+sdot;+sdot;+sdot;+) también se estudia la interacción. Se pueden visualizar todos los contactos entre cualquiera de los dos tipos anteriores de residuos yuxtapuestos en la estructura de la proteína. El software está disponible en: http://www.boseinst.ernet.in/resources/bioinfo/stag.html.