Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Herramienta web interactiva para estandarizar el flujo de trabajo de proteómica para datos de cromatografía líquida y espectrometría de masas

Sudhir Srivastava, Michael Merchant, Anil Rai y Shesh N. Rai

Introducción: Los experimentos de proteómica implican varios pasos y hay muchas opciones disponibles para cada paso en el flujo de trabajo. Por lo tanto, la estandarización del flujo de trabajo de proteómica es una tarea esencial para el diseño de experimentos de proteómica. Sin embargo, existen desafíos asociados con las mediciones cuantitativas basadas en cromatografía líquida-espectrometría de masas, como la heterogeneidad debido a la variabilidad técnica y los valores faltantes.

Métodos: presentamos una aplicación web, la herramienta de estandarización del flujo de trabajo de proteómica (PWST) para estandarizar el flujo de trabajo de proteómica. La herramienta será útil para decidir la opción más adecuada para cada paso de la experimentación. Esto se basa en la identificación de pasos/opciones con la menor variabilidad, como la comparación del coeficiente de variación (CV). Demostramos la herramienta en datos con variables categóricas y continuas. Hemos utilizado los casos especiales de modelo lineal general, análisis de covarianza y análisis de varianza con efectos fijos para estudiar los efectos debidos a diversas fuentes de variabilidad. Hemos proporcionado varias opciones que ayudarán a encontrar la contribución de la suma de cuadrados para cada variable y el CV. El usuario puede analizar la variabilidad de los datos a nivel de proteínas y péptidos incluso en presencia de valores faltantes.

Disponibilidad e implementación: El código fuente de “PWST” está escrito en R e implementado como una aplicación web brillante a la que se puede acceder libremente desde https://ulbbf.shinyapps.io/pwst/.