Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Bioinformática integrada para el análisis de rutas inducidas por radiación a partir de datos de proteómica y micromatrices

Zhang-Zhi Hu, Hongzhan Huang, Amrita Cheema, Mira Jung, Anatoly Dritschilo y Cathy H. Wu

El análisis funcional y la interpretación de datos de proteómica y expresión génica a gran escala requieren el uso eficaz de herramientas bioinformáticas y recursos de conocimiento público combinados con exploración guiada por expertos. Se utilizó un enfoque bioinformático integrado para analizar las vías celulares en respuesta a la radiación ionizante. ATM, o mutado en ataxia-telangiectasia, una proteína quinasa de serina-treonina, desempeña funciones críticas en las respuestas a la radiación, incluida la detención del ciclo celular y la reparación del ADN. Analizamos las vías de respuesta a la radiación basadas en datos de expresión génica de micromatrices y proteómica de gel 2D/MS de fibroblastos que expresan el gen ATM de tipo salvaje o mutante. El análisis mostró que el metabolismo se vio significativamente afectado por la radiación de una manera dependiente de ATM. En particular, las vías metabólicas de las purinas cambiaron de manera diferente en las dos líneas celulares. La expresión de la subunidad M2 de la ribonucleósido-difosfato reductasa (RRM2) aumentó en las células ATM de tipo salvaje tanto en los niveles de ARNm como de proteína, pero no se detectaron cambios en las células mutadas en ATM. Se observó un aumento de la expresión de p53 30 minutos después de la irradiación de las células ATM de tipo salvaje. Estos resultados sugieren que RRM2 es un objetivo corriente abajo de la vía ATM-p53 que media en la reparación del ADN inducida por radiación. Demostramos que el enfoque bioinformático integrado facilitó el análisis de vías, la generación de hipótesis y la identificación de genes/proteínas diana.