Plantas Aromáticas y Medicinales
Acceso abierto

abstracto

Caracterización in-silico, modelado estructural, estudios de acoplamiento y Análisis filogenético de 5-enolpiruvilshikimato-3-fosfato sintasa Gen de Oryza sativa L.

Ubaid Yaqoob, Tanushri Kaul, Saurabh Pandey e Irshad Ahmad Nawchoo

La 5-enolpiruvilshikimato-3-fosfato sintasa (EPSPS) es una de las enzimas vitales de la ruta del shikimato que participa en la biosíntesis de metabolitos secundarios y varios aminoácidos. La alineación de secuencias múltiples de estas secuencias de proteínas EPSPS de diferentes plantas mostró regiones conservadas en diferentes tramos con la máxima homología en los residuos de aminoácidos. Revelamos el modelo de homología de la proteína Oryza sativa EPSPS (OsEPSPS) utilizando la estructura de E. coli EPSPS como plantilla. La estructura del modelo resultante fue refinada por PROCHECK, el servidor RAMPAGE, ProSA, Verify3D, etc., lo que indicó que la estructura del modelo es confiable. El análisis de gráficos de Ramachandran mostró que las conformaciones para el 94,3% de los residuos de aminoácidos se encuentran dentro de las regiones más favorecidas. A través del análisis de motivos, se reveló que un dominio EPSPS conservado se encuentra uniformemente en todas las proteínas EPSPS, independientemente de las especies de plantas variables, lo que sugiere su posible papel en las funciones celulares y metabólicas. El árbol filogenético construido reveló diferentes grupos basados en EPSPS con respecto a bacterias, plantas monocotiledóneas y dicotiledóneas. Los socios que interactúan del gen muestran la importancia de esta familia de genes en la regulación de las funciones metabólicas y del desarrollo. Los dos motivos conservados LP(G/S)KSLSNRILLLAAL y LFLGNAGTAMRPL presentes en casi todas las especies de plantas EPSPS pueden funcionar como dominios catalíticos de las enzimas EPSPS y se supone que contribuyen en el sitio de unión del glifosato.