Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Pasala Chiranjeevi, Sandeep Swargam, Natarajan Pradeep, Kanipakam Hema, Katari Sudheer Kumar, Nalamolu Ravina Madhulitha y Amineni Umamaheswari
El autotransportador de citotoxina vacuolizante es secretado por Helicobacter pylori y se considera un importante factor de virulencia único en la patogénesis. La toxina VacA es una protoxina de 140 kDa que contiene 1287 aminoácidos, se somete a escisión N- y C-terminal para producir una toxina madura de 88 kDa que consta de 1-821 residuos (p88). Además, la toxina madura es crucial para funcionar como VacA activa y se adhiere a la membrana plasmática para formar canales aniónicos que conducen a la entrada de patógenos, la formación de vacuolas aptas para formar colonias en la mucosa gástrica de los seres humanos. Como resultado se provocaron secuelas crónicas como gastritis intolerable, úlceras pépticas, linfoma MALT y adenocarcinoma. La toxina VacA ha captado gran atención y se ha seleccionado como diana farmacológica para diseñar posibles inhibidores. La estructura cristalina del dominio p55 de VacA se preparó y minimizó utilizando el asistente de preparación de proteínas en Maestro v9.8. Se generó una cuadrícula en el sitio de unión de p33 del dominio p55 importante para la adherencia de VacA a la membrana epitelial. El acoplamiento rígido del receptor se realizó con una biblioteca interna preparada de un millón de compuestos utilizando Glide v6.3. Posteriormente, se llevaron a cabo QPLD e IFD con Prime/MM–GBSA para predecir las puntuaciones vinculantes de energía libre. El complejo de acoplamiento QPLD tiene una energía libre de unión (ΔG) de -48,286 kcal/mol. El complejo acoplado mostró estabilidad con un enlace de hidrógeno, tres interacciones mediadas por agua con la energía más baja durante la ejecución de simulaciones de dinámica molecular de 50 ns. Por lo tanto, los conductores propuestos representan un nuevo y valioso punto de partida en el desarrollo del inhibidor de VacA.