Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Inferencia sobre la evolución de la proteína de la cubierta del carlavirus asintomático de los lirios en la India y en el extranjero basada en un estudio de motivos y un análisis filogenético

Suhasini Huddone, Satya Vrat Bhardwaj, Rameshwar Singh Rattan, Kamlesh Kanwar, Gaurav Zinta y Anil Handa

El carlavirus asintomático de los lirios (LSV), el virus que infecta a los lirios más común en todo el mundo, contiene 6 marcos de lectura abiertos (ORF) ) en su genoma, del cual ORF5 que representa la proteína de la cubierta (CP) es la región más variable y se usa aquí para deducir la filogenia del virus. El gen CP de uno de los aislamientos de LSV presentes en la región, el aislamiento de LSV-Oh (número de acceso AJ748277) se tomó como secuencia de prueba. El alineamiento de múltiples secuencias de la secuencia de prueba con ClustalW mostró una homología de nucleótidos y aminoácidos de hasta 17-98 %. y 1-98%, respectivamente con otras 78 secuencias carlavirales de la India y el extranjero. Se buscó un motivo de nucleótido conservado de carlavirus, AATAAA (motivo de señal de poliadenilación), en las múltiples alineaciones de secuencias, pero no se encontró en ninguno de los aislados de LSV en estudio. Además, el análisis filogenético de las secuencias de nucleótidos mediante el método DNADIST del algoritmo de unión de vecinos colocó el aislado de LSV de prueba más cerca de sus aislados nativos de LSV de la India y los aislados de LSV de Yunnan y Lanzou, de China. Se podría interpretar que en el carlavirus asintomático de Lily a nivel de nucleótidos, la evolución se está produciendo a un ritmo más rápido. Además, este virus compartió su ancestro común más reciente (MRCA), tanto con sus aislados nativos de LSV de India como con aislados de LSV de China, probablemente, lo que indica su origen en cualquiera de los países. Este estudio proporciona pistas importantes sobre la propagación del virus y, hasta donde sabemos, es el primer estudio detallado del gen de la proteína de la cubierta del LSV realizado a nivel de nucleótidos.