Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Incorporación de la tipificación de aminoácidos en asignaciones basadas en la estructura de proteínas de resonancia magnética nuclear

Halit Erdo'an y Mehmet Serkan Apaydin

La determinación de la estructura de la proteína es crucial para comprender la función de una proteína y desarrollar fármacos contra enfermedades. La espectroscopia de resonancia magnética nuclear (RMN) es una técnica experimental que permite estudiar la estructura de proteínas en solución. En el problema de asignación basada en la estructura (SBA) de RMN, el objetivo es asignar picos observados experimentalmente a los núcleos específicos de la molécula objetivo mediante el uso de una proteína molde y es un desafío computacional importante. NVR es un marco SBA de RMN en el que se combinan varios tipos de datos de RMN para calcular las asignaciones. En este documento, estudiamos el efecto de incorporar fuentes adicionales de datos en NVR. Agregamos dos tipos de datos, cambios químicos para átomos que no sean 15N y HN, o experimento HADAMAC. Utilizamos un software de tipificación de aminoácidos Craack, que toma los cambios químicos de los átomos de C, N y H y devuelve los posibles aminoácidos junto con sus puntuaciones de confianza. Este enfoque resultó en mejores precisiones de asignación. El experimento HADAMAC, que ayuda a predecir una clase de aminoácidos para cada pico, también se incorporó al NVR, con precisiones de asignación mejoradas.