Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto
ISSN: 0974-276X
ISSN: 0974-276X
Sudhakar C*, Thippeswamy M, Sivakumar M, Sudhakarbabu O, Dudhe MY
El estrés por sequía es un factor abiótico importante que causa la pérdida de rendimiento en cártamo y se han llevado a cabo estudios limitados para diseccionar el mecanismo molecular a nivel de EST-SSR. En este estudio, se estudió una posible relación entre la distribución de repeticiones de secuencia simple (SSR) y el estrés por sequía utilizando tres bibliotecas EST de cártamo, Ct-D-EST, Ct-NEST y Co-EST. El Ct-D-EST se generó a partir del cultivar A-1 de cártamo tolerante a la sequía; Ct-N-EST y Co-EST fueron los conjuntos de datos EST de cártamo y su progenitor silvestre C. oxycanthus, respectivamente. En total, se extrajeron 156 (45 %), 1194 (5 %) y 1550 (9 %) EST-SSR de las bibliotecas Ct-D-EST, Ct-N-EST y Co-EST, respectivamente. La comparación de EST-SSR de Ct-D-EST con la de SSR de otras dos bibliotecas mostró diferencias razonables para cada clase de repeticiones. Se observaron grandes variaciones para las repeticiones de dinucleótidos en todas las bibliotecas. En los EST-SSR de sequía, solo se produjo un tipo de aminoácido por repetición (ATG)14 que codifica met, lo que indica que los loci y la repetición observados son del 100 %. Dado que tres EST con SSR de Ct-D-EST, anotados en genes candidatos putativos, S-adenosilmetionina sintetasa, proteína de una hélice y mioinositol 1-fosfato sintetasa, no se expresaron con SSR en Ct-N-EST, estos pueden ser considerados como posibles genes candidatos para la tolerancia a la sequía. También se encontró un SSR de trinuceotina, que codifica met, en el EST anotado para la supuesta s-adenosilmetionina sintetasa, por lo tanto, ambos pueden considerarse índices de tolerancia a la sequía. Los recursos genómicos y la información generada en este estudio pueden ser útiles para los mejoradores de cártamo, particularmente para el desarrollo de cultivares tolerantes a la sequía.