Revista de bioquímica y fisiología vegetal
Acceso abierto
ISSN: 2329-9029
ISSN: 2329-9029
Luis David Maldonado-Bonilla
Las vías de degradación del ARNm influyen en la remodelación de los transcriptomas. El 5’ a 3’ La ruta de descomposición del ARNm consta de tres mecanismos que actúan posteriormente: deadenilación, decapping y 5’ a 3’ descomposición exonucleolítica. Las interacciones físicas específicas entre los componentes de esta vía son esenciales para generar complejos funcionales que destruyan adecuadamente las transcripciones innecesarias en eucariotas. La mayor parte de la información sobre la estructura de los componentes de esta vía proviene de estudios en levaduras y animales, pero se sabe poco sobre la conservación de los dominios y motivos de interacción proteína-proteína en los factores de descomposición homólogos de las plantas. La subunidad de destapado DCP1 y el 5’ a 3’ exoribonucleasa XRN4 son componentes críticos de esta vía. Para obtener una visión general de la estructura y conservación de estas proteínas en las plantas, se recuperaron, alinearon y sometieron a búsqueda de secuencias conservadas las secuencias de los correspondientes homólogos de angiospermas, briófitas y la gimnosperma Picea abies. Las comparaciones revelaron dominios conservados y motivos estructurales en plantas y metazoos, lo que implica interacciones físicas compartidas que podrían surgir durante la evolución temprana de los eucariotas, por ejemplo, la trimerización de DCP1 y el reconocimiento de secuencias ricas en prolina (PRS) por hojas β. del dominio similar a Dcp1/EVH1. Sin embargo, el análisis in silico reveló que los factores de descomposición de las plantas contienen motivos específicos, como el PRS en el propio DCP1, que podrían haber surgido para conferir funciones especializadas en las plantas. Además, este análisis reveló que los homólogos XRN4 de las angiospermas adquirieron una secuencia que recuerda al homólogo 5’ a 3’ exoribonucleasa de mosca de la fruta que permite la interacción con DCP1.