Investigación inmunológica
Acceso abierto

abstracto

Caracterización in silico de epítopos inmunogénicos presentados por HLA-Cw*0401

Joo Chuan Tong, Zong Hong Zhang, J Thomas August, Vladimir Brusic, Tin Wee Tan y Shoba Ranganathan

Antecedentes: los productos del locus HLA-C son poco conocidos en parte debido a su baja expresión en la superficie celular. Datos recientes indican que estas moléculas sirven como elementos de restricción principales para los epítopos de linfocitos T citotóxicos (CTL) del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1). Presentamos aquí una técnica basada en la estructura para la predicción de la unión de péptidos a Cw*0401. Los modelos fueron rigurosamente entrenados, probados y validados utilizando péptidos de unión y no unión de Cw*0401 verificados experimentalmente obtenidos de estudios bioquímicos. Un nuevo esquema de puntuación facilita la identificación de puntos críticos inmunológicos dentro de los antígenos, en función de la suma de las energías de unión predichas de los cuatro principales aglutinantes dentro de una ventana de 30 aminoácidos. Resultados: Se logra una alta predictibilidad cuando se prueba en los conjuntos de datos de entrenamiento (r2 = 0,88, s = 3,56 kJ/mol, q2 = 0,84, spress = 5,18 kJ/mol) y de prueba (AROC = 0,93). La caracterización de las secuencias de unión previstas de Cw*0401 indica que los aminoácidos en las posiciones de anclaje clave comparten propiedades fisicoquímicas comunes que se correlacionan bien con los estudios experimentales existentes. Conclusión: El análisis de los péptidos de unión a Cw*0401 predichos mostró que los residuos de anclaje pueden no ser restrictivos y que los bolsillos de unión a Cw*0401 posiblemente pueden acomodar una amplia variedad de péptidos con propiedades fisicoquímicas comunes. Los posibles repertorios de epítopos de células T específicos de Cw*0401 para las glicoproteínas p24gag y gp160gag del VIH-1 están bien distribuidos en ambas glicoproteínas, con trece y nueve puntos críticos inmunológicos para las glicoproteínas p24gag y gp160gag del VIH-1, respectivamente. Estos hallazgos brindan nuevos conocimientos sobre la selectividad del péptido HLA-C, lo que indica que la preselección de péptidos HLA-C candidatos puede ocurrir en el nivel de TAP, antes de la carga del péptido en el retículo endoplásmico.