Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Análisis in silico de proteínas de choque alcalino en enterobacterias

Seetharaaman Balaji, V. Murali Krishnan

Las proteínas de choque alcalino (ASP) se adaptan a condiciones atípicas, que se clasifican en una familia de proteínas pequeñas. Las proteínas de choque alcalinas se identifican en muchas bacterias y están involucradas en la respuesta al estrés. La base molecular para la supervivencia de las bacterias en condiciones extremas en las que se inhibe el crecimiento es una cuestión de gran interés actual. Se llevó a cabo un estudio preliminar para determinar la conservación del patrón de residuos entre las proteínas de choque alcalino de las bacterias entéricas, responsables de la extrema tolerancia alcalina, especialmente en Staphylococcus y Streptococcus. Para descifrar, ¿hay algún secreto escondido en las proteínas de choque alcalino? Se utilizó el enfoque bioinformático y la evidencia molecular demostró la relación entre Staphylococcus y Streptococcus con respecto a ASP. Los análisis de secuencia, estructura y filogenéticos infirieron las relaciones de varias bacterias con respecto al motivo conservado (VDNNKAK) de las ASP. Se realizó una anotación funcional del subsistema automatizado de 172 ASP homólogas para varias bacterias. Actualmente la estructura del ASP no está disponible en el Protein Data Bank (PDB). Dado que las especies de Staphylococcus formaron la raíz del árbol filogenético, se modeló la estructura del Staphylococcus aureus (cepa bovina RF122) para comprender mejor la estructura y el mecanismo.